Alors que le virus du fruit rugueux de la tomate brune infecte les plants de tomates et de poivrons à travers le monde, les sociétés semencières travaillent à la sélection d'une tomate résistante.
De riches ressources génétiques et génomiques étaient à la disposition des sélectionneurs de tomates avant même le début des projets de séquençage génomique de la tomate. De grandes collections de germoplasme de tomate sont établies depuis longtemps dans plusieurs endroits. Plus de 75,000 XNUMX accessions de tomates sont conservées dans des banques de gènes du monde entier. L'une des plus importantes est la banque de gènes de l'USDA à Genève, NY.
Le séquençage du génome de la tomate a été lancé en 2005 dans le cadre d'un effort multinational entre 14 pays et achevé en 2012. Ces efforts ont été considérablement accélérés avec l'application de l'intelligence artificielle, de l'apprentissage automatique et d'algorithmes avancés pour analyser de grandes quantités de données génétiques et phénotypiques.
Pan-génome de tomate
Des chercheurs du Boyce Thompson Institute ont créé en 2020 un génome de référence de haute qualité pour les tomates sauvages afin de produire un pan-génome de tomate plus complet et plus utile. Ils ont découvert des sections du génome qui sous-tendent la saveur, la taille et la maturation des fruits, la tolérance au stress et la résistance aux maladies. Grâce en partie aux technologies de séquençage de pointe capables de lire de très longs morceaux d'ADN, le génome de référence est plus complet et plus précis que la base de données existante.
Les technologies de séquençage plus anciennes qui lisent des morceaux d'ADN plus courts identifient les mutations au niveau d'une seule base. Cependant, ils ne sont pas doués pour trouver des variantes structurelles telles que des insertions, des suppressions, des inversions ou des duplications de gros morceaux d'ADN.
En 2019, un groupe international de chercheurs a construit un pan-génome de tomate en utilisant des séquences génomiques de 725 variétés phylogénétiquement et géographiquement représentatives. Cette base de données comprend 4,873 XNUMX gènes non trouvés dans le génome de référence original. Les analyses des variations présentes/absentes ont révélé une perte de gènes substantielle et une sélection négative intense de gènes et de promoteurs au cours de la domestication et de l'amélioration de la tomate.
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